Tato část léčby je v současné době stále předmětem výzkumů, které se zaměřují jak na léčbu akutní myokarditidy, tak i její chronické formy. Jejich závěry jsou ovšem často odlišné nebo jsou konkrétní druhy terapie vhodné pouze pro určité skupiny pacientů, např. imunosupresivní terapie
V následujících podkapitolách je obsažen popis čtyř druhů imunologické léčby, které jsou u myokarditidy a ZKMP vyšetřovány – léčba imunoglobuliny, imunosupresivní terapie, imunoadsorpce a léčba interferony. U každého druhu léčby jsou uvedeny výsledky zatím největších provedených studií.
Příznivý účinek IVIG na funkci srdce a prognózu byl prokázán u pacientů s CHSS, DKMP s vysokou virovou náloží PVB19, u dětí a fulminantně probíhající myokarditidy a ZKMP.
IVIG nemají významnější vedlejší účinky a mohly by být užity u myokarditid s virovou etiologií, navozenou autoimunitou a tvorbou autoprotilátek a refrakterních na konvenční léčbu srdečního selhání. Terapie IVIG je ale stále zatím ne zcela dostatečně a přesvědčivě podložena důkazy v literatuře.
U dětí a mladistvých je na rozdíl od dospělých situace opačná. Byl u nich prokázán pozitivní dopad na funkci srdce a roční přežití při podávání vysokých dávek IVIG a v indikovaných případech jsou podávány i v běžné praxi, protože jsou spojeny s lepším průběhem a prognózou nemoci a je u nich popisován i takový účinek, že mohou zabránit rozvoji myokarditidy do chronické fáze.
Tento druh terapie je indikován v případě nálezu GCM, eozinofilní myokarditidy, srdeční sarkoidózy a u myokarditidy spojených s autoimunními onemocněními. Nejčastěji se jedná o kombinaci prednisonu, cyklosporinu a/nebo azathioprinu
Imunosupresivní terapie byla několika studiemi označena u myokarditid jako prospěšná u pacientů s absencí virového agens v myokardu a u těch s přítomností autoprotilátek.
Role imunosupresivní terapie je velmi zkoumána u pacientů se ZKMP. Zatím největší provedené skupině došly k závěru, že ve skupině léčené imunosupresivními medikamenty došlo ke zlepšení funkce srdce i NYHA třídy. Je ovšem i zde nutné EMB vyloučit přítomnost vyvolávajícího agens v myokardu.,
Užití imunoadsorpce je zvažováno u ZKMP s navozenou autoimunitou a tvorbou antimyokardiálních autoprotilátek. Princip terapie spočívá v odstranění cirkulujících autoprotilátek třídy IgG cirkulujících v periferní krvi. Její účinnost byla sice již potvrzena, ale pouze na malých souborech pacientů.
Antivirová léčba interferonem beta prokázala v několika studiích příznivé ovlivnění srdeční funkce a symptomatologie nemocných, ale pouze u myokarditid vyvolaných enteroviry a adenoviry.