Endomyokardiální biopsie je vyšetření, při němž jsou pacientovi přes cévní systém katetrizačně zavedeny kleštičky, jimiž je z pravé nebo levé komory odebráno čtyři až pět milimetrových vzorků tkáně srdečního svalu. Tyto jsou pak odeslány na vyšetření. Jedná se tedy o tzv. invazivní zákrok, kdy lékaři při vyšetřování zasahují do těla pacienta a u malého procenta pacientů (asi 1 %) může tedy dojít při tomto vyšetření ke komplikacím.

Tato metoda nepatří v diagnostice myokarditidy ke standardním vyšetřovacím metodám. Lékaři k ní přikročí pouze v přísně indikovaných případech dle uvážení lékaře. Úskalím biopsie je, že lékaři mohou bioptovat zdravý okresek tkáně. Další indikací je, mají-li lékaři podezření na určité typy myokarditidy, nebo když stav pacienta vyžaduje imunosupresivní léčbu (viz tento odkaz nebo kategorie Diagnostika a léčba – Možnosti léčby – článek Imunologická léčba).

Cílem této metody je zjistit, jakou formou myokarditidy pacient trpí a k jakým změnám v srdečním svalu dochází. Dále se ze vzorků tkáně pokouší zjistit přítomnost/nepřítomnost původce myokarditidy (hlavně virů, kde je využita laboratorní metoda PCR, viz tento odkaz).

Metoda ovšem původce myokarditidy ne vždy odhalí, původce se nepodaří zjistit u více než poloviny biopsií u pacientů s myokarditidou. Výsledek tedy může být falešně negativní.