U myokarditidy je pacient léčen antibiotiky v případě, že je původcem bakteriální infekce. V České republice se jedná nejčastěji o bakterii Borrelia burgdorferi. Je přenášena klíšťaty a způsobuje lymeskou boreliózu. Léčba antibiotiky probíhá zhruba 3 týdny infuzí do žíly (intravenózně). Podávají se cefalosporiny 3. generace (ceftriaxon a další), tetracykliny (doxycyklin), peniciliny (amoxicilin) či erytromycin. U komplikovaných bakteriálních